Contencioso Administrativo en descalificación de vivienda en régimen de cooperativa

Soy socio de una Cooperativa de viviendas del año 1984, construimos los pisos como Vivienda de Protección Oficial en Cooperativa de Promoción Libre, ahora he descalificado la vivienda y es de venta libre. El problema es que la Comunidad de Madrid me pide que pague el Impuesto de Transmisiones y AJD puesto que dice que no se pagó en su momento por ser un beneficio fiscal a las VPO. He devuelto todas las ayudas recibidas pero entiendo que este impuesto no hay que pagarlo puesto que independientemente que sean VPO o no, las Cooperativas de viviendas están exenta del pago según especifica su Reglamento fiscal, igualmente creo que no se debe considerar como venta la cesión de la vivienda de la cooperativa al socio.
Envié un Recurso de Reposición pero me temo que no va a haber respuesta o esta va a ser negativa.
¿Qué posibilidades legales tengo para ganar en un recurso Contencioso-Administrativo?
¿Cuál sería el coste total del proceso?
Gracias.