Doctorada con beca FPI

Durante mi actividad investigadora he sido victima de un trato injusto por parte de mi directora de tesis y hasta la fecha he ido manteniendo la situación con el fin de la obtención del titulo de doctora. El problema es que, a raíz de faltar el Lunes al trabajo me han denegado el acceso al puesto de trabajo sin mas explicación que la indicación de esperar a que la vicerrectora de la universidad se ponga en contacto conmigo. Hoy por fin lo ha hecho indicándome que mi supervisora ha puesto una demanda contra mi ante el ministerio de educación, que he de esperar a que se pongan en contacto conmigo y entonces presentar un recurso en el caso de no estar conforme. Me ha indicado también que es posible que se abra una "comisión de juicio" lo cual entiendo que se hará un juicio a nivel de universidad para valorar quien tiene razón. He elaborado un escrito denunciando lo que me han hecho pasar durante este tiempo y lo he enviado al Sindic de la universidad, una especie de defensor del estudiante. Pero me dicen que no tiene mucha efectividad. He pensado en escribir al ministerio para que también tengan mi versión pero antes de dar este paso me gustaría recibir asesoramiento, alguien me ayude sobre como elaborar el escrito para no descatalogarme y no escribir cosas que puedan ir luego en mi contra. Necesito saber que consecuencias puede tener esto y alguien que me defienda llegados al extremo, ando perdida en todo este asunto y no encuentro la claridad para expresarme. Acabo de perder todo mi trabajo de tesis y tengo miedo de perder mi beca y mi "profesionalidad" yendo en contra de los peces gordos de la universidad.